सिंचन व्यवस्थेचे प्रमुख तोटे खालीलप्रमाणे आहेत. सिंचनामुळे कधी कधी अनियंत्रित उत्सर्जन होते आणि संपूर्ण रस्ताभर पाण्याचे झिरपते . ओव्हरफ्लो होणारे सिंचन पाणी कीटकांना त्यांचे निवासस्थान बनवते जे आजूबाजूला हानिकारक आहे आणि विविध रोगांना जन्म देते.