पंतप्रधान हे नियोजन आयोगाचे अध्यक्ष असतात. जवाहरलाल नेहरू हे नियोजन आयोगाचे पहिले अध्यक्ष होते. नियोजन आयोगाच्या उपाध्यक्षाची नियुक्ती केंद्रीय मंत्रिमंडळाने केली. गुलझारीलाल नंदा हे नियोजन आयोगाचे पहिले उपाध्यक्ष होते.