नायजेरियातील अनेक नद्या खराब व्यवस्थापित आणि नियमन केलेल्या आहेत. नायजर नदी सारख्या प्रमुख नद्यांचे गाळ, तसेच नदीकाठावरील वनस्पती आणि शेतीच्या उद्देशांसाठी ओलसर जमीन काढून टाकणे , हे सर्व खराब जलस्रोत व्यवस्थापनाचे परिणाम आहेत ज्यामुळे पूर येण्यासही हातभार लागला आहे.